Spółka „Koleje Małopolskie” sp. z o.o. została powołana na podstawie Uchwały Nr XLIV/705/13 Sejmiku Województwa Małopolskiego z dnia 2 grudnia 2013 roku w sprawie powołania jednoosobowej spółki Województwa Małopolskiego oraz zgodnie z Uchwałą Nr 1518/13 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 10 grudnia 2013 roku.

Spółka „Koleje Małopolskie” sp. z o.o. jest podmiotem, w którym 100% udziałów posiada Samorząd Województwa Małopolskiego reprezentowany przez Zarząd Województwa Małopolskiego, pełniący w Spółce funkcję Zgromadzenia Wspólników. Organami Spółki są: Zgromadzenie Wspólników, Rada Nadzorcza oraz Zarząd Spółki.